bj-diagnostik Software DNA-Match

Die leistungsfähige Software DNA-Match liest und prozessiert DNA-Fragmentanalyse Dateien, die mit ABI (Applied Biosystems) DNA-Sequencern gemessen wurden. DNA-Match ist in der Programmiersprache Mathematica (www.wolfram.com) realisiert und kann ab Version 4.1 auf einem PC oder auch im Netzwerk betrieben werden.

Diese Software wurde von bj-diagnostik und Mellau Consulting entwickelt.

Kontrollanalyse, DNA-Fragmentanalyse

Verglichen mit der Sequenzanalyse ist die Fragmentanalyse aufwendiger. Bei der Fragmentanalyse muss anders als bei der Sequenzanalyse die Größe (in bp) eines DNA-Fragments bestimmt werden. Dies kann in guter Qualität nur durch die interne Kalibration mit DNA-Fragmenten bekannter Länge (Size Standard) erfolgen. Die endgültige Allelbezeichnung erhält man danach durch Vergleich mit einem weiterem Standard, der Allelleiter. Allelleitern, Positiv- und Negativkontrollen werden separiert von den zu typisierenden Proben ausgewertet und grafisch dargestellt.

Mit verschiedenen, ausgefeilten Routinen kann nun die Information der Kontrollproben (Allelleiter, Positivkontrolle, Profile der Labormitarbeiter) zum Allel Calling der unbekannten Proben verwendet werden. Dabei können z.B. die Allelleiterpeakpositionen in der Datenbank automatisch an die tatsächlichen Messwerte angepasst werden. Zeitabhängige Veränderungen der Messwerte sind über die Differenz erwartet-gemessen zugänglich. Binweiten und Farben der Bindarstellung sind konfigurierbar.

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Fragmentanalyse und Genotyping

Wie unter Kontroll-System beschrieben, wird die Allelzuordnung mit Hilfe von Allelleiterpeakpositionen vorgenommen. Für beliebige Allelleitern kann eine Datenbankdatei eingerichtet werden, die für weitere Analysen benutzt wird. Eine Reihe von Möglichkeiten ermöglichen dann ein verbessertes Allele Calling.

Ausgabe DNA-Profile von Vater Kind und Mutter

Die Datenbank bp-Werte können aus einzelnen Allelleitern oder in Form eines Mittelwertes über mehrerer Allelleitern generiert werden. Diverse grafische Darstellungsmöglichkeiten erleichtern das Verständnis der Zusammenhänge von PCR-Reaktion und der Performance des Sequencers. Dadurch ergeben sich neue Möglichkeiten in der Beurteilung der Qualität der gemessenen Daten, die sich dann auch für Optimierungen der einzelnen Stationen: DNA-Isolation, PCR-Reaktion (Amplifikation) und Detektion einsetzen lassen.

Komfortable Genotypisierungssoftware

Biostatistische Genetik

Ohne Aufwand können die bestimmten Genotypen (Allele), z.B. für eine Vaterschaftsuntersuchung, direkt an das eingebundene Statistikpaket weitergereicht werden. Neben der Standardstatistik können weitere Formeln für Nichtstandardfälle z.B. Geschwistertest eingegeben werden.

Durch die direkte Übergabe des kompletten DNA-Profils aus einem Elektropherogramm ist das Auftreten von Übertragungsfehlern gleich null. Mit den konventionell erhältlichen Programmen zur Mikrosatellitenanalyse sind mehrere manuelle Übertragungen von Allelbezeichnungen nötig. Dies kann mit DNA-Match automatisch und fehlerfrei erfolgen.

Dabei werden PI-Werte (Paternitäts Index) für jeden einzelnen Marker bestimmt. Im Prinzip können LR (Likelihood Ratios) für beliebige Konstellationen berechnet werden.

Exportfunktionen

Alle erhaltenen Alleldaten der Elektropherogramme können über .csv ASCII Dateien exportiert werden, um sie in andere Programme einzulesen. Das Ausgabeformat ist konfigurierbar. Andere Ausgabeformate können ebenfalls etabliert werden.

Datenexport von DNA-Profilen aus DNA-Match, die Allelnummern (Erbmerkmale können z.B. als Tabelle ausgegeben werden.

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